1- Lei nº 12.114/2009: Órgão que administra o Fundo, vinculado ao Ministério do Meio Ambiente, com competência e composição estabelecidas em regulamento. Sua composição deve assegurar a participação de 6 representantes do Poder Executivo federal e 5 representantes do setor não governamental.
2- Decreto nº 9.578/2018: Órgão com a competência de, entre outras, aprovar o plano anual e os relatórios de aplicação dos recursos do Fundo, estabelecer diretrizes e prioridades para a aplicação dos recursos e aprovar projetos não reembolsáveis.