As aplicações de recursos do Fundo são consideradas prioritárias nas seguintes áreas:
• Unidade de Conservação;
• Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico;
• Educação Ambiental;
• Manejo e Extensão Florestal;
• Desenvolvimento Institucional;
• Controle Ambiental;
• Aproveitamento Econômico Racional e Sustentável da Flora e Fauna Nativas;
• Recuperação de áreas degradadas por acidentes ou desastres ambientais;
• Ações de prevenção, preparação e combate a incêndios florestais.